بررسی خصوصیات بیولوژیکی و مولکولی جدایه ایرانی ویروس v سیب زمینی
thesis
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی
- author فاطمه شمس الدین سعید
- adviser حسین معصومی جهانگیر حیدرنژاد اکبر حسینی پور
- Number of pages: First 15 pages
- publication year 1388
abstract
ویروس v سیب زمینی ( pvv ) potato virus v ازخانواده پوتی ویریده وجنس پوتی ویروس می باشد. پیکره های آن شامل یک کپسید باتقارن شش وجهی و رشته ای خمش پذیر با طول 760 نانومتر است. ویروس v سیب زمینی دارای ژنوم rna تک لا، مثبت وتک رشته ای که حاوی9851 نوکلئوتید می باشد. ژنوم این ویروس دارای یک قاب خواندنی بزرگ (orf) بوده، که قسمت های اصلی ژنوم آن به ترتیب عبارتند از 1-viral protein genome (vpg) که درتماس باانتهای َ5 می باشد. 2- منطقه ترجمه نشده (non translated region) غنی از اوراسیل وآدنین می باشد. 3- یک قاب خواندنی بزرگ متشکل از9201 که به یک پلی پروتئین بزرگ در حدود 3067 اسیدآمینه ترجمه می شود. 4 - منطقه ترجمه نشده ( ntrَ3) که به انتهای پلی a ختم می شود. در مطالعه ای که به منظور بررسی پراکندگی ویروس v سیب زمینی در طول سال های زراعی 1386 تا 1387 از مزارع سیب زمینی استان های کرمان و همدان انجام گرفت. تعداد 360 نمونه گیاهی دارای علائم ویروسی از مزارع سیب زمینی استان های فوق الذکر جمع آوری شد. جهت تأیید آلودگی نمونه ها از آزمون های الایزا استفاده گردید. نتایج به دست آمده از این آزمون ها بیانگر گسترش بسیار محدود pvv در مزارع سیب زمینی در این دو استان می باشد. به طوریکه در استان کرمان تنها سه نمونه آلوده بهpvv به دست آمد. جهت بررسی دامنه میزبانی جدایه مورد نظر، از گیاهان آزمون متعلق به خانواده های chenopodiaceae, amarantaceae و solanaceaeاستفاده گردید. از بین گیاهان مورد استفاده، تنها n. tabacum cv.whiteburley و debneyi nicotiana پس از گذشت 30 -45 روز علائم ویروسی را نشان دادند. در حالیکه گیاهان آزمون از سایر خانواده ها هیچ گونه علائمی نسبت به این ویروس نشان ندادند. نتایج آزمون الایزا نیز موید این مطلب می باشد. علائم pvv بر روی توتون های مایه زنی شده رقم debneyi nicotiana در گلخانه به صورت رگبرگ نواری و در رقم n. tabacum cv. whiteburley به صورت رگبرگ روشنی و موزاییک دیده شد. از آنجایکه این تحقیق اولین گزارش از وجود pvv در مزارع سیب زمینی ایران می باشد، بر همین اساس در مورد ویروس v سیب زمینی در کشور ما تا پیش از این تحقیق، هیچ گونه مطالعه بیولوژیکی و مولکولی انجام نگرفته است. لذا اهداف اصلی این تحقیق، علاوه بر مطالعه بیولوژیکی، بررسی ژنوم کامل ویروس pvv و مقایسه جدایه ایرانی این ویروس با جدایه های گزارش شده در دنیا می باشد. بر این اساس جدایه مجزا شده از مزارع سیب زمینی منطقه لاله زارکرمان به منظور مطالعه ژنوم کامل ویروس انتخاب گردید. به منظور تکثیر ژنوم کامل ویروس تعداد 11 آغازگر بر اساس جدایه dv42طراحی گردید. پس از عمل rt-pcr ، همسانه سازی، تعیین توالی ژنوم این ویروس، درخت فیلوژنیک به منظور مقایسه جدایه ایرانی و جدایه های گزارش شده در بانک ژن با استفاده از نرم افزار dnaman version4.02 (lynnon biosoft.1994-98) رسم گردید. در تمامی موارد درصد همولوژی، ترادف نوکلئوتیدی و اسید های آمینه نیز محاسبه گردید. به دلیل اینکه تنها یک ژنوم کامل در بانک ژن موجود می باشد، لذا به ناچار ژن های تکثیر شده جدایه ایرانی pvv (به جز ژن cp) با ژنوم مذکور مقایسه و درصد ترادف نوکلئوتیدی جهت ژن های nib ، nia، 6k1، vpg، ci، p3 به ترتیب 8/92، 94، 8/94، 5/91، 93 و6/93 بدست آمد. درصد ترادف اسید آمینه ها ی ژن های nib ، nia، 6k1، vpg، ci، p3 نیز به ترتیب 2/94، 2/95، 100، 6/93، 5/98 و 2/97 محاسبه گردید. در مورد cp به دلیل وجود تعدادی از جدایه های موجود در بانک جهانی ژن، مقایسه ای بین cp جدایه ایرانی و جدایه های موجود در بانک ژن صورت گرفت. براساس این نتایج، بیشترین درصد تشابه مربوط به توالی نوکلئوتیدی پروتئین پوششی جدایه ایرانی pvv و جدایه های swedish ، soumi و 506dutchگزارش شده از کشور های سوئد، فلاند و هلند به ترتیب میزان 8/96، 7/96 و 6/96درصد می باشد و کمترین میزان تشابه توالی نوکلئوتیدی پروتئین پوششی بین جدایه ایرانی با جدایه ای از کشور پرو(pa1.1) به میزان 6/89 درصد تعیین گردید. بیشترین درصد تشابه توالی نوکلئوتیدی در بین جدایه های جهانی، مربوط به جدایه pa1 از کشور پرو واقع در گروه i و جدایه ای دیگر از همین کشور pa1.1 به میزان 9/99 درصد می باشد. همچنین کمترین میزان تشابه توالی نوکلئوتیدی بین جدایه های جهانی ، بین جدایه انگلیس m97uk وringeriks از نوروژ با جدایه دیگری از کشور پرو(pa1) به میزان 5/89 درصدبدست آمد. برطبق نتایج به دست آمده، بیشترین درصد تشابه اسیدآمینه های ژن پروتئین پوششی بین جدایه ایرانی pvv و جدایه swedish گزارش شده از کشور های سوئد به میزان 8/98 درصد می باشد. همچنین بیشترین تشابه اسیدآمینه های ژن پروتئین پوششی در بین جدایه های جهانی، مربوط به جدایه pa1 از کشور پرو و جدایه ای دیگر از همین کشور pa1.1 به میزان 6/99 درصد می باشد. کمترین میزان تشابه اسیدآمینه های ژن پروتئین پوششی بین جدایه ایرانی با جدایه ای از کشور پرو(pa1.1) به میزان 5/95 درصد تعیین گردید. همچنین کمترین میزان تشابه اسیدآمینه های ژن پروتئین پوششی بین جدایه های جهانی ، مربوط به جدایه m97uk از (انگلیس)، dv42 از (اروپا) و 506dutch از(هلند) با جدایه دیگری از کشور پرو(pa1) به میزان 4/94 درصد می باشد. درخت فیلوژنیک بر اساس توالی نوکلئوتیدی ژن پروتئین پوششی رسم گردید. نتایج حاصله بیانگر آن است که جدایه های pvv موجود در بانک ژن به دو گروه i و ii تقسیم می گردند. در گروه i تنها دو جدایه از کشور پرو(pa1 و pa1.1) قرار گرفتند که با bootstrap100% از گروه ii که شامل اکثریت جدایه های گزارش شده از دنیا میباشد ، متمایز گردیدند. گروه ii نیز خود به زیر گروههای بیشتری تقسیم گردید که جدایه ایرانی pvv در زیر گروه ii به صورت یک زیر شاخه مجزا قرار می گیرد. نتایج به دست آمده بیانگر آن است که درصد مشابهت ترادف های نوکلئوتیدی قطعه پروتئین پوششی بین جدایه های گزارش از مناطق مختلف دنیا بالا می باشد. همچنین میزان درصد مشابهت ترادف نوکلئوتیدی قطعه پروتئین پوششی بین جدایه گزارش شده از ایران با جدایه گزارش شده از سوئد به میزان 8/96 درصد می باشد. این نتایج بیانگر آن است که به طور کلی pvv در مزارع سیب زمینی ایران از گسترش محدودی برخوردار بوده و درصد مشابهت ژن های متعدد این ویروس با تنها جدایه گزارش شده در دنیا نیز در سطح بالائی می باشد. بر این اساس می توان نتیجه گرفت که احتمالا آلودگی مزارع سیب زمینی ایران نسبت به pvv مربوط به ورود این ویروس به همراه غده های آلوده سیب زمینی از کشورهای اروپائی می باشد.
similar resources
بررسی خصوصیات بیولوژیکی و مولکولی دو جدایه ویروس ایکس سیب زمینی در استان همدان
به منظور تعیین پراکنش ویروس ایکس سیبزمینی طی سال های 1389 و 1390، از مناطق کشت اصلی سیب زمینی در استان همدان شامل بهار، رزن و کبودرآهنگ بازدید و مجموعاً 456 نمونه برگی (تعداد 132 و 324 نمونه به ترتیب علائمدار و تصادفی) از 9 مزرعه جمع آوری شد. نتایج آزمون الایزا نشان دهنده آلودگی 42 نمونه تصادفی با ویروس ایکس سیب زمینی بود. میزان وقوع آلودگی به این ویروس به ترتیب کاهش در مناطق بهار (3/18%)، رزن...
full textتعیین خصوصیات مولکولی تعدادی از جدایه های ایرانی ویروس v سیب زمینی
ویروس v سیب زمینی (pvv) از جنس پوتی ویروس بوده و یکی از سه پوتی ویروس مهم آلوده کننده سیب زمینی در اروپا می باشد، اما مطالعات مولکولی کمی بر روی این ویروس انجام گردیده است. علی رغم کشت وسیع رقم های سیب زمینی در ایران، ارزیابی مشخصی نسبت به آلودگی ارقام مختلف به pvv انجام نگردیده است. به منظور شناسایی، تعیین پراکنش و برخی از مشخصات مولکولی جدایه های ایرانی این ویروس، طی فصول زراعی سال های1389 لغ...
15 صفحه اولخصوصیات بیولوژیکی و مولکولی چند جدایه ایرانی ویروس توتهای رگبرگ مرکبات (CVEV)
ویروس توتهی رگبرگ مرکبات (Citrus vein enation virus, CVEV) گونه احتمالی جنس Enamovirus، با علائم رگبرگ توتهای و گال چوبی در تنه، اخیرا از مرکبات ایران گزارش شده است. در تحقیق حاضر خصوصیات بیولوژیکی و مولکولی تعدادی از جدایه های ویروس مطالعه شد. پس از انتقال پیوندی 29 جدایه مختلف ویروس به سه گونه میزبان شامل نارنج (Citrus aurantium)، لیموی ولکامریانا ((C. volkameriana</em...
full textبررسی خصوصیات بیولوژیکی و مولکولی دو جدایه ویروس ایکس سیبزمینی در استان همدان
به منظور تعیین پراکنش ویروس ایکس سیبزمینی طی سالهای 1389 و 1390، از مناطق کشت اصلی سیبزمینی در استان همدان شامل بهار، رزن و کبودرآهنگ بازدید و مجموعاً 456 نمونه برگی (تعداد 132 و 324 نمونه به ترتیب علائمدار و تصادفی) از 9 مزرعه جمع آوری شد. نتایج آزمون الایزا نشان دهنده آلودگی 42 نمونه تصادفی با ویروس ایکس سیب زمینی بود. میزان وقوع آلودگی به این ویروس به ترتیب کاهش در مناطق بهار (3/18%)، رزن...
full textتعیین فراوانی، خصوصیات بیولوژیکی و جایگاه تبارزایی جدایه های ویروس A سیب زمینی بر اساس توالی ژن پروتئین پوششی در دو استان خراسان رضوی و مرکزی
و ویروس A سیبزمینی (PVA) از جمله ویروسهای مهم خسارتزا در سیبزمینی میباشد. در بهار وتابستان 1389، تعددا 280 و463 نمونه برگی بهترتیب علائمدار و تصادفی و نیز تعداد 1336 غده از مزارع سیبزمینی استانهای خراسان رضوی و مرکزی جمعآوری وکل نمونهها با استفاده از آزمون الایزا از نظر آلودگی به ویروس PVA مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج حاصل بیانگر گسترش آلودگی به این ویروس در 39 و 10 درصد نمونههای ع...
full textبررسی خصوصیات بیولوژیکی و مولکولی چند جدایه ویروس موزائیک خیارCucumber mosaic virus (CMV))) از مناطق شمال غرب ایران
چکیده ویروس موزائیک خیار یکی از مهمترین ویروسهای آلوده کنندهی گیاهی در ایران میباشد. به منظور بررسی فنوتیپ آلودگی جدایههای مختلف این ویروس در سال 1390 تعداد 342 نمونهی گیاهی مشکوک به آلودگی با این ویروس از گیاهان خیار، کدو، خربزه و گوجه فرنگی از مناطق مختلف شمال غرب کشور جمعآوری و با آزمون الایزا 91 نمونهی آلوده به CMV ردیابی شد. از بین جدایه ها هشت جدایه که توالی ژنومی و موقعیت تب...
full textMy Resources
document type: thesis
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023